TRINIUM PLANIGRAFY: A TECHNIQUE, AREA OF APPLICATION, SOME RESULTS
Abstract
Stated the method of tritium planigrafy (TP). A comparison with other methods. A comprehensive approach to the study of the spatial structure of proteins, based on the joint use of the experimental method and the TP software package for the interpretation of experimental data and prediction of protein structure. Some results of this approach to a wide range of tasks such as building three-dimensional structure of biomolecules and its comparison with the crystal (if known), the definition of the orientation of the molecule and its degree of immersion, when it is at the interface, and others.
About the Authors
E. . Bogacheva
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Russian Federation
Russian Federation
A. . Dolgov
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Russian Federation
Russian Federation
A. . Shishkov
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Баратова Л.А., Богачева Е.Н., Гольданский В.И., Колб В.А., Спирин А.С., Шишков А.В. Тритиевая планиграфия биологических макромолекул. М.,Наука, 1999. 175с.
2. Shishkov A.V., Bogacheva E.N. 2007. Tritium planigraphy of biological macromolecules. In: Methods in Protein Structure and Stability Analysis: Conformational Stability, Size, Shape and Surface of Protein Molecules. Eds. V. N. Uversky and E. A. Permyakov. N.-Y.: Nova Science Publishers.
3. Богачева Е Н., Долгов А.А., Чуличков А.Л., Шишков А. В. Применение тритиевой планиграфии в фундаментальных исследованиях в области биофизики // сб. докладов XII Международной научной конференции «Физико-химическиепроцессы при селекции атомов и молекул и в лазерных, плазменных и нанотехнологиях », 31 марта – 4 апреля 2008 г., г. Звенигород (Ершово), c. 368.
4. Alexander V. Shishkov, Elena N. Bogacheva, Alexey A. Dolgov, Alexey L. Chulichkov, Denis G. Knyazev, Natalia V. Fedorova, Alexander L. Ksenofontov, Larisa V. Kordyukova, Elena V. Lukashina and Lyudmila A. Baratova. The in situ Structural Characterization of the Influenza A Virus Matrix M1 Protein within a Virion //Protein. Pept. Lett., 2009, Oct 10.
5. Kordyukova, L.V., Serebryakova, M.V., Polyakov, V.Y., Ovchinnikova, T.V., Smirnova, Yu.A., Fedorova, N.V., Baratova, L.A. Influenza A Virus M1 Protein Structure Probed by In Situ Limited Proteolysis with Bromelain. //Protein Pept. Lett. 2008, 15, 922–930.
6. Bogacheva E.N., Goldanskii V.I., Shishkov A.V., Galkin A.V., Baratova L.A. Tritium planigraphy: from the accessible surface to the spatial structure of a protein. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998, 95 (6), 2790–2794.
7. Лукашина Е.В., Бадун Г.А., Ксенофонтов А.Л., Баратова Л.А., Добров Е.Н., Федосеев В.М. Использование проточного счетчика в сочетании с аминокислотным анализатором для измерения низких радиоактивностей меченных тритием аминокислот //Радиохимия. 2002, 44, 78-82.;
8. Fedorova, N.V., Ksenofontov, A.L., Viryasov, M.B., Baratova, L.A., Timofeeva, T.A. and Zhirnov, O.P. Covalent chromatography of influenza virus membrane M1 protein on activated thiopropyl Sepharose-6B //J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 1998, 706, 83–89.
9. Ксенофонтов А. Л., Бадун Г. А., Федорова Н. В., Кордюкова Л. В. Количественное определение площади гликобелков на поверхности оболочечных вирусов // Молекулярная биология, 2008, т. 42, № 6, с. 1093–1096
10. Compans R.W., Klenk H.D., Caliguiri L.A., Choppin P.W. 1970. Influenza virus proteins. I. Analysis of polypeptides of the virion and identification of spike glycoproteins.//Virology, 42, 880–889.
11. Богачева Е. Н., Богачев А. Н., Дмитриев И. Б., Долгов А. А., Чуличков А. Л., Шишков А.В., Баратова Л. А. Построение моделей пространственной структуры белков по данным тритиевой планиграфии. //Биофизика. 2009. 54.
12. Shishkov А.V., Goldanskii V.I., Baratova L.A., Federova N.V., Ksenofontov А. L., Zhirnov О.P., Galkin A.V. The in situ spatial arrangement of the influenza A virus matrix protein M1 assessed by tritium bombardment. //Proc. Natl. Асаd. Sci. USA. 1999, 96, 7827–7830.
13. Чуличков А.Л., Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В., Баратова Л.А. Атомарный тритий как нанозонд для исследования структуры адсорбционных слоев и доступной поверхности // Сб. трудов научно-практической конференции с международным участием. Нанотехнологии и наноматериалы для биологии и медицины. Новосибирск. 11– 12 октября 2007,с.143-150.
14. Nyquist R.M., Ebelhardt A.S., Silks L.A.Li Z., Swanson B.I. // Langmuir. 2000. V. 16. P. 1793.
15. Lu J.R., Su T.J., Thomas R.K., Penfold, Webster J. // J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998. V. 94. 3279.
16. Bogacheva E.N., Chulichkov A.L., Dolgov A.A., Shishkov A.V., Vedeniapina E.V. // Computer simulation in tritium planigraphy. 5th European Conference on Computational Biology, January 21-24, 2007, Eilat (Israel), P79.
17. Долгов А. А., Богачева Е. Н., Чуличков А. Л., Шишков А. В. Взаимодействие потока атомов трития с поверхностью наноразмерных частиц вируса гриппа А // Перспективные материалы, 2010, в печати
Review
Views:
104
Email this article 