Тритиевая планиграфия: методика, области применения, некоторые результаты
Аннотация
Излагается методика тритиевой планиграфии (ТП). Проведено сравнение с другими методами. Разработан комплексный подход к исследованию пространственной структуры белков, основанный на совместном использовании экспериментального метода ТП и пакета программ для интерпретации опытных данных и предсказания структуры белков. Представлены некоторые результаты применения этого подхода к решению широкого круга задач, таких как построение трехмерной структуры биомолекулы и сравнение ее с кристаллической (если она известна), определение ориентации молекулы и степени ее погруженности, когда она находится на границе раздела фаз, и других.
Об авторах
Е. Н. Богачева
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Россия
Россия
А. А. Долгов
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Россия
Россия
А. В. Шишков
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук
Россия
Россия
Список литературы
1. Баратова Л.А., Богачева Е.Н., Гольданский В.И., Колб В.А., Спирин А.С., Шишков А.В. Тритиевая планиграфия биологических макромолекул. М.,Наука, 1999. 175с.
2. Shishkov A.V., Bogacheva E.N. 2007. Tritium planigraphy of biological macromolecules. In: Methods in Protein Structure and Stability Analysis: Conformational Stability, Size, Shape and Surface of Protein Molecules. Eds. V. N. Uversky and E. A. Permyakov. N.-Y.: Nova Science Publishers.
3. Богачева Е Н., Долгов А.А., Чуличков А.Л., Шишков А. В. Применение тритиевой планиграфии в фундаментальных исследованиях в области биофизики // сб. докладов XII Международной научной конференции «Физико-химическиепроцессы при селекции атомов и молекул и в лазерных, плазменных и нанотехнологиях », 31 марта – 4 апреля 2008 г., г. Звенигород (Ершово), c. 368.
4. Alexander V. Shishkov, Elena N. Bogacheva, Alexey A. Dolgov, Alexey L. Chulichkov, Denis G. Knyazev, Natalia V. Fedorova, Alexander L. Ksenofontov, Larisa V. Kordyukova, Elena V. Lukashina and Lyudmila A. Baratova. The in situ Structural Characterization of the Influenza A Virus Matrix M1 Protein within a Virion //Protein. Pept. Lett., 2009, Oct 10.
5. Kordyukova, L.V., Serebryakova, M.V., Polyakov, V.Y., Ovchinnikova, T.V., Smirnova, Yu.A., Fedorova, N.V., Baratova, L.A. Influenza A Virus M1 Protein Structure Probed by In Situ Limited Proteolysis with Bromelain. //Protein Pept. Lett. 2008, 15, 922–930.
6. Bogacheva E.N., Goldanskii V.I., Shishkov A.V., Galkin A.V., Baratova L.A. Tritium planigraphy: from the accessible surface to the spatial structure of a protein. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998, 95 (6), 2790–2794.
7. Лукашина Е.В., Бадун Г.А., Ксенофонтов А.Л., Баратова Л.А., Добров Е.Н., Федосеев В.М. Использование проточного счетчика в сочетании с аминокислотным анализатором для измерения низких радиоактивностей меченных тритием аминокислот //Радиохимия. 2002, 44, 78-82.;
8. Fedorova, N.V., Ksenofontov, A.L., Viryasov, M.B., Baratova, L.A., Timofeeva, T.A. and Zhirnov, O.P. Covalent chromatography of influenza virus membrane M1 protein on activated thiopropyl Sepharose-6B //J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 1998, 706, 83–89.
9. Ксенофонтов А. Л., Бадун Г. А., Федорова Н. В., Кордюкова Л. В. Количественное определение площади гликобелков на поверхности оболочечных вирусов // Молекулярная биология, 2008, т. 42, № 6, с. 1093–1096
10. Compans R.W., Klenk H.D., Caliguiri L.A., Choppin P.W. 1970. Influenza virus proteins. I. Analysis of polypeptides of the virion and identification of spike glycoproteins.//Virology, 42, 880–889.
11. Богачева Е. Н., Богачев А. Н., Дмитриев И. Б., Долгов А. А., Чуличков А. Л., Шишков А.В., Баратова Л. А. Построение моделей пространственной структуры белков по данным тритиевой планиграфии. //Биофизика. 2009. 54.
12. Shishkov А.V., Goldanskii V.I., Baratova L.A., Federova N.V., Ksenofontov А. L., Zhirnov О.P., Galkin A.V. The in situ spatial arrangement of the influenza A virus matrix protein M1 assessed by tritium bombardment. //Proc. Natl. Асаd. Sci. USA. 1999, 96, 7827–7830.
13. Чуличков А.Л., Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В., Баратова Л.А. Атомарный тритий как нанозонд для исследования структуры адсорбционных слоев и доступной поверхности // Сб. трудов научно-практической конференции с международным участием. Нанотехнологии и наноматериалы для биологии и медицины. Новосибирск. 11– 12 октября 2007,с.143-150.
14. Nyquist R.M., Ebelhardt A.S., Silks L.A.Li Z., Swanson B.I. // Langmuir. 2000. V. 16. P. 1793.
15. Lu J.R., Su T.J., Thomas R.K., Penfold, Webster J. // J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998. V. 94. 3279.
16. Bogacheva E.N., Chulichkov A.L., Dolgov A.A., Shishkov A.V., Vedeniapina E.V. // Computer simulation in tritium planigraphy. 5th European Conference on Computational Biology, January 21-24, 2007, Eilat (Israel), P79.
17. Долгов А. А., Богачева Е. Н., Чуличков А. Л., Шишков А. В. Взаимодействие потока атомов трития с поверхностью наноразмерных частиц вируса гриппа А // Перспективные материалы, 2010, в печати
Рецензия
Просмотров:
103
Послать статью по эл. почте 