phmathВестник Государственного университета просвещения. Серия: Физика-МатематикаBulletin of Federal State University of Education. Series: Physics and Mathematics2949-50832949-5067Federal State University of Educationphmath-169Research ArticleФИЗИКАPHYSICSТритиевая планиграфия: методика, области применения, некоторые результатыTRINIUM PLANIGRAFY: A TECHNIQUE, AREA OF APPLICATION, SOME RESULTSБогачеваЕ. Н.BogachevaE. .ben@chph.ras.ruДолговА. А.DolgovA. .dolgov48@nm.ruШишковА. В.ShishkovA. .avs@chph.ras.ruИнститут химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наукРоссияИнститут химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наукRussian Federation201030092022028188Copyright © Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В., 20222022Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В.Bogacheva E..., Dolgov A..., Shishkov A...Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.physmathmgou.ru/jour/article/view/169

Излагается методика тритиевой планиграфии (ТП). Проведено сравнение с другими методами. Разработан комплексный подход к исследованию пространственной структуры белков, основанный на совместном использовании экспериментального метода ТП и пакета программ для интерпретации опытных данных и предсказания структуры белков. Представлены некоторые результаты применения этого подхода к решению широкого круга задач, таких как построение трехмерной структуры биомолекулы и сравнение ее с кристаллической (если она известна), определение ориентации молекулы и степени ее погруженности, когда она находится на границе раздела фаз, и других.

Stated the method of tritium planigrafy (TP). A comparison with other methods. A comprehensive approach to the study of the spatial structure of proteins, based on the joint use of the experimental method and the TP software package for the interpretation of experimental data and prediction of protein structure. Some results of this approach to a wide range of tasks such as building three-dimensional structure of biomolecules and its comparison with the crystal (if known), the definition of the orientation of the molecule and its degree of immersion, when it is at the interface, and others.

тритиевая планиграфиябелокбиомолекулаReferencesБаратова Л.А., Богачева Е.Н., Гольданский В.И., Колб В.А., Спирин А.С., Шишков А.В. Тритиевая планиграфия биологических макромолекул. М.,Наука, 1999. 175с.Баратова Л.А., Богачева Е.Н., Гольданский В.И., Колб В.А., Спирин А.С., Шишков А.В. Тритиевая планиграфия биологических макромолекул. М.,Наука, 1999. 175с.Shishkov A.V., Bogacheva E.N. 2007. Tritium planigraphy of biological macromolecules. In: Methods in Protein Structure and Stability Analysis: Conformational Stability, Size, Shape and Surface of Protein Molecules. Eds. V. N. Uversky and E. A. Permyakov. N.-Y.: Nova Science Publishers.Shishkov A.V., Bogacheva E.N. 2007. Tritium planigraphy of biological macromolecules. In: Methods in Protein Structure and Stability Analysis: Conformational Stability, Size, Shape and Surface of Protein Molecules. Eds. V. N. Uversky and E. A. Permyakov. N.-Y.: Nova Science Publishers.Богачева Е Н., Долгов А.А., Чуличков А.Л., Шишков А. В. Применение тритиевой планиграфии в фундаментальных исследованиях в области биофизики // сб. докладов XII Международной научной конференции «Физико-химическиепроцессы при селекции атомов и молекул и в лазерных, плазменных и нанотехнологиях », 31 марта – 4 апреля 2008 г., г. Звенигород (Ершово), c. 368.Богачева Е Н., Долгов А.А., Чуличков А.Л., Шишков А. В. Применение тритиевой планиграфии в фундаментальных исследованиях в области биофизики // сб. докладов XII Международной научной конференции «Физико-химическиепроцессы при селекции атомов и молекул и в лазерных, плазменных и нанотехнологиях », 31 марта – 4 апреля 2008 г., г. Звенигород (Ершово), c. 368.Alexander V. Shishkov, Elena N. Bogacheva, Alexey A. Dolgov, Alexey L. Chulichkov, Denis G. Knyazev, Natalia V. Fedorova, Alexander L. Ksenofontov, Larisa V. Kordyukova, Elena V. Lukashina and Lyudmila A. Baratova. The in situ Structural Characterization of the Influenza A Virus Matrix M1 Protein within a Virion //Protein. Pept. Lett., 2009, Oct 10.Alexander V. Shishkov, Elena N. Bogacheva, Alexey A. Dolgov, Alexey L. Chulichkov, Denis G. Knyazev, Natalia V. Fedorova, Alexander L. Ksenofontov, Larisa V. Kordyukova, Elena V. Lukashina and Lyudmila A. Baratova. The in situ Structural Characterization of the Influenza A Virus Matrix M1 Protein within a Virion //Protein. Pept. Lett., 2009, Oct 10.Kordyukova, L.V., Serebryakova, M.V., Polyakov, V.Y., Ovchinnikova, T.V., Smirnova, Yu.A., Fedorova, N.V., Baratova, L.A. Influenza A Virus M1 Protein Structure Probed by In Situ Limited Proteolysis with Bromelain. //Protein Pept. Lett. 2008, 15, 922–930.Kordyukova, L.V., Serebryakova, M.V., Polyakov, V.Y., Ovchinnikova, T.V., Smirnova, Yu.A., Fedorova, N.V., Baratova, L.A. Influenza A Virus M1 Protein Structure Probed by In Situ Limited Proteolysis with Bromelain. //Protein Pept. Lett. 2008, 15, 922–930.Bogacheva E.N., Goldanskii V.I., Shishkov A.V., Galkin A.V., Baratova L.A. Tritium planigraphy: from the accessible surface to the spatial structure of a protein. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998, 95 (6), 2790–2794.Bogacheva E.N., Goldanskii V.I., Shishkov A.V., Galkin A.V., Baratova L.A. Tritium planigraphy: from the accessible surface to the spatial structure of a protein. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998, 95 (6), 2790–2794.Лукашина Е.В., Бадун Г.А., Ксенофонтов А.Л., Баратова Л.А., Добров Е.Н., Федосеев В.М. Использование проточного счетчика в сочетании с аминокислотным анализатором для измерения низких радиоактивностей меченных тритием аминокислот //Радиохимия. 2002, 44, 78-82.;Лукашина Е.В., Бадун Г.А., Ксенофонтов А.Л., Баратова Л.А., Добров Е.Н., Федосеев В.М. Использование проточного счетчика в сочетании с аминокислотным анализатором для измерения низких радиоактивностей меченных тритием аминокислот //Радиохимия. 2002, 44, 78-82.;Fedorova, N.V., Ksenofontov, A.L., Viryasov, M.B., Baratova, L.A., Timofeeva, T.A. and Zhirnov, O.P. Covalent chromatography of influenza virus membrane M1 protein on activated thiopropyl Sepharose-6B //J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 1998, 706, 83–89.Fedorova, N.V., Ksenofontov, A.L., Viryasov, M.B., Baratova, L.A., Timofeeva, T.A. and Zhirnov, O.P. Covalent chromatography of influenza virus membrane M1 protein on activated thiopropyl Sepharose-6B //J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 1998, 706, 83–89.Ксенофонтов А. Л., Бадун Г. А., Федорова Н. В., Кордюкова Л. В. Количественное определение площади гликобелков на поверхности оболочечных вирусов // Молекулярная биология, 2008, т. 42, № 6, с. 1093–1096Ксенофонтов А. Л., Бадун Г. А., Федорова Н. В., Кордюкова Л. В. Количественное определение площади гликобелков на поверхности оболочечных вирусов // Молекулярная биология, 2008, т. 42, № 6, с. 1093–1096Compans R.W., Klenk H.D., Caliguiri L.A., Choppin P.W. 1970. Influenza virus proteins. I. Analysis of polypeptides of the virion and identification of spike glycoproteins.//Virology, 42, 880–889.Compans R.W., Klenk H.D., Caliguiri L.A., Choppin P.W. 1970. Influenza virus proteins. I. Analysis of polypeptides of the virion and identification of spike glycoproteins.//Virology, 42, 880–889.Богачева Е. Н., Богачев А. Н., Дмитриев И. Б., Долгов А. А., Чуличков А. Л., Шишков А.В., Баратова Л. А. Построение моделей пространственной структуры белков по данным тритиевой планиграфии. //Биофизика. 2009. 54.Богачева Е. Н., Богачев А. Н., Дмитриев И. Б., Долгов А. А., Чуличков А. Л., Шишков А.В., Баратова Л. А. Построение моделей пространственной структуры белков по данным тритиевой планиграфии. //Биофизика. 2009. 54.Shishkov А.V., Goldanskii V.I., Baratova L.A., Federova N.V., Ksenofontov А. L., Zhirnov О.P., Galkin A.V. The in situ spatial arrangement of the influenza A virus matrix protein M1 assessed by tritium bombardment. //Proc. Natl. Асаd. Sci. USA. 1999, 96, 7827–7830.Shishkov А.V., Goldanskii V.I., Baratova L.A., Federova N.V., Ksenofontov А. L., Zhirnov О.P., Galkin A.V. The in situ spatial arrangement of the influenza A virus matrix protein M1 assessed by tritium bombardment. //Proc. Natl. Асаd. Sci. USA. 1999, 96, 7827–7830.Чуличков А.Л., Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В., Баратова Л.А. Атомарный тритий как нанозонд для исследования структуры адсорбционных слоев и доступной поверхности // Сб. трудов научно-практической конференции с международным участием. Нанотехнологии и наноматериалы для биологии и медицины. Новосибирск. 11– 12 октября 2007,с.143-150.Чуличков А.Л., Богачева Е.Н., Долгов А.А., Шишков А.В., Баратова Л.А. Атомарный тритий как нанозонд для исследования структуры адсорбционных слоев и доступной поверхности // Сб. трудов научно-практической конференции с международным участием. Нанотехнологии и наноматериалы для биологии и медицины. Новосибирск. 11– 12 октября 2007,с.143-150.Nyquist R.M., Ebelhardt A.S., Silks L.A.Li Z., Swanson B.I. // Langmuir. 2000. V. 16. P. 1793.Nyquist R.M., Ebelhardt A.S., Silks L.A.Li Z., Swanson B.I. // Langmuir. 2000. V. 16. P. 1793.Lu J.R., Su T.J., Thomas R.K., Penfold, Webster J. // J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998. V. 94. 3279.Lu J.R., Su T.J., Thomas R.K., Penfold, Webster J. // J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998. V. 94. 3279.Bogacheva E.N., Chulichkov A.L., Dolgov A.A., Shishkov A.V., Vedeniapina E.V. // Computer simulation in tritium planigraphy. 5th European Conference on Computational Biology, January 21-24, 2007, Eilat (Israel), P79.Bogacheva E.N., Chulichkov A.L., Dolgov A.A., Shishkov A.V., Vedeniapina E.V. // Computer simulation in tritium planigraphy. 5th European Conference on Computational Biology, January 21-24, 2007, Eilat (Israel), P79.Долгов А. А., Богачева Е. Н., Чуличков А. Л., Шишков А. В. Взаимодействие потока атомов трития с поверхностью наноразмерных частиц вируса гриппа А // Перспективные материалы, 2010, в печатиДолгов А. А., Богачева Е. Н., Чуличков А. Л., Шишков А. В. Взаимодействие потока атомов трития с поверхностью наноразмерных частиц вируса гриппа А // Перспективные материалы, 2010, в печати

The authors declare that there are no conflicts of interest present.